GMP车间净化原理主要包括以下几个步骤：
1. 首先，选择合适的空气洁净度等级。不同级别的空间对悬浮颗粒的大小和数量有不同的要求。一般来说，级别越高，要求的过滤效果越好。例如，C级房间需要使用HEPA滤网才能达到这样的标准。此外，应避免直接将新风送入室内, 而是通过初效、中效或亚层流罩实现粗过滤和中过滤之后再把空气引入到房间里去(也有少部分情况下是采用三级过滤)。这样做可以更有效利用空调系统的能量, 同时也能节省电能消耗从而降低运行费用;另外这种处理方式也可以减少大粒径粉尘污染及一些过敏原的浓度。特别要强调的是在某些情况之下，为了满足精密仪器生产和微生物培养室的工艺条件，应该尽可能地选用正压直流系统而不是回排的系统。因为后者由于管道存在局部低速涡街产生驻留区引起死腔以及气体再循环等因素的存在可能会带来更大的能耗问题。
2. GMP车间的气流速度也是一个关键因素。过大的气流量将会导致紊流, 有可能增加带菌尘埃并促进静电的产生而使尘源飞扬造成二次污染；而过小的气流又会使冷却达不到预期的效果甚至因过度加热而导致结露发霉。因此只有合理的设计出符合生产流程的气流方向与分布才是的解决方案。
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